效率低下，所以迟迟没有把金9抓捕归案，金9也不听父母之劝，留在家里等着被抓，最终在6月21日束手就擒，押到海州监狱拷问，大约两个月后又移送仁川，由日朝官员会审。
金9在受审时慷慨陈词，并向日本人骂道：“所谓万国公法里，哪1条文规定签订通商亲善条约后，可以杀死1个国家的国王或王后？……在我有生之年，誓报此仇，死则变成厉鬼也要杀你们国王，而且非把你们倭寇消灭得干干净净，来洗雪我国的耻辱不可！”
1897年7月下旬，金9以杀人罪被判处绞刑，拟于10月2日执行。行刑那1天，死刑名单被送到朝鲜高宗那里最终复核，1名官员告诉高宗，其中的金昌洙金9是“为国母报仇”而受到如此审判。高宗大为感动，马上命法部致电给仁川方面，通知取消金9的死刑，择日再审。行刑的那1天，金9正看着《大学》，平静地等待死期，免死的消息传来时，整个监狱喜气洋洋，狱卒对他的态度也好了不少。但金9仍被关在监狱，金周卿等社会热心人士想方设法甚至变卖家产救金9出狱，为此找到法部大臣韩圭卨等朝廷大员说情，但因为事涉日本，故朝鲜政府中没人敢答应。在狱友的帮助下，金9弄到了1些钱财，又托父亲在探监时带来铁3棱。1898年3月19日，他向值班狱卒行贿，设宴招待他们，等狱卒都喝得酩酊大醉，便与几名狱友用铁3棱凿开墙壁，成功越狱。
金9第2次入狱期间，把名字改为在朝鲜语中与“金龟”同音的“金9”，因为“金龟”是在他日本殖民当局的户籍上登记的名字，改名也是脱离日本束缚之意，这是他最后1次改名。同时，他还将自己的号“莲下”改为“白凡”，意思是他是像白丁屠户，是朝鲜当时最受歧视的职业1样的凡夫。他在狱中表现良好，加上明治天皇驾崩、大正天皇登极等因素，所以刑期被减为5年，1914年移送仁川监狱，同年夏获得假释，在安岳家中被监视居住，以经营农庄为生。
1919年，31运动爆发，许多朝鲜人都通
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