流言指证历历，说道其实能久亲王早已逝世，带领日军的是其弟贞Ai亲王。不久之後，日军明确消息指出能久亲王染上瘟疫，日本军情一度紧张。
无奈此时台湾民主国已经病入膏肓，无力回天，终被攻破台南，结束台日抗战，义军统领丘逢甲与第二任总统刘永福败逃厦门，广东。能久亲王随後立即在台南返回日本，不久之後在东京逝世。与此期间日本首任台湾总督桦山资纪於11月18日向京都大本营报告：「全岛悉予平定。」开始了日本统治台湾时期。
此後二十年间，因为当时并未能和平接收政权，日本政府遂采取高压统治，台湾抗日活动四起，虽然令日本损失惨重，但据官方统计，仅在1898—1902四年间，总督府杀戮的台湾「土匪」人数为11950人。日本领有台湾前八年，共有三万二千人被日方杀害，超过当时总人口百分之一。